Médecine personnalisée et exploration du génome : la révolution Bilhi Genetics

Aux origines de Bilhi Genetics, une passion pour la recherche terrain

Pour comprendre en quoi les découvertes d'Alain Dessein ont révolutionné la génétique, il faut se replonger dans le monde de la recherche. Pierre Dessein, son fils, nous éclaire : "A l'époque, très peu de scientifiques croyaient à l'existence d'un facteur génétique dans le développement des fibroses". La fibrose, dont la cirrhose est une forme grave, est une maladie qui peut toucher différents tissus. Dans le cas de la fibrose du foie par exemple, tout part d'une inflammation. Le processus cicatriciel se met en place, mais au lieu de s'arrêter, il continue et s'emballe. "On a alors affaire à une surcicatrisation, si bien que le foie ne devient alors plus qu'une grosse cicatrice", décrit Pierre Dessein. Dans les années 1980, on pense que ce qui provoque une fibrose serait donc l'exposition à certains facteurs - au premier rang desquels : l'alcool.

Jeune scientifique diplômé de l'Ecole Normale Supérieure, professeur agrégé à 19 ans, Alain Dessein est pourtant convaincu du contraire. Pour lui, il existe un facteur génétique responsable de la différence de réaction entre les individus. Passionné par l'Afrique et l'Amérique Latine, Alain Dessein s'intéresse aux maladies parasitaires. Il étudie avec attention les populations de la région du Lac Albert, en Ouganda. "Avec la région de Wuhan, le Lac Albert constitue l'un des deux hotspots d'où partent les épidémies, à cause de la température et de la proximité entre certains parasites et les hommes", explique Pierre Dessein. Intrigué par ces populations jusque là majoritairement négligées par les chercheurs, son père part étudier différentes communautés : les Amérindiens en Amazonie, les Africains autour du lac Albert, ou encore les pêcheurs chinois de la province de Wuhan.

Sur place, il est confronté à une observation qui incarnera la conviction de départ de ses travaux : la résistance à certaines maladies chez certaines populations soumises à des pressions de sélection naturelle fortes. "Ce qu'a observé mon père, c'est que dans ces régions, tout le monde vit dans les mêmes conditions et est infecté par les mêmes maladies", déclare Pierre Dessein. "Pourtant, des familles entières vivent très bien alors que d'autres non". Un paradoxe qui a poussé le professeur-explorateur Alain Dessein à consacrer l'essentiel de ses recherches à sa résolution.

D'explorateurs de la génétique à pionniers de la médecine préventive

Petit à petit, Alain Dessein constitue une base de données de 7000 patients autour du Lac Albert. Tous ces patients sont infectés par le même parasite, qui provoque la bilharziose - maladie qui donnera son nom à Bilhi Genetics. Cette maladie cause des fibroses, ces problèmes de cicatrisation déjà évoqués, qui peuvent dégénérer en cirrhoses. Face à la différence de réaction entre des familles qui vivent dans les mêmes conditions, Alain Dessein est convaincu qu'il existe un facteur génétique responsable du développement de la cirrhose. "Mon père s'est entêté dans une direction à laquelle personne ne croyait ; il a défendu ses résultats devant une assemblée de scientifiques sceptiques", se remémore Pierre Dessein.

Aujourd'hui, la facteur génétique est un fait avéré - Alain Dessein a été l'un des premiers à démontrer la susceptibilité ou la résistance à la cirrhose du foie. Pour la science, les conséquences sont immenses : ces résultats viennent prouver que l'on peut développer une cirrhose du foie en fonction de son patrimoine génétique, et pas seulement en raison de sa consommation d'alcool ou d'un excès de graisse. "Dans un monde où un tiers de la population a trop de graisse dans le foie à cause d'une mauvaise alimentation, vous imaginez les implications et la portée d'une telle découverte", commente Pierre Dessein. Plus encore, selon le CEO de Bilhi Genetics, la fibrose est liée, d'une façon ou d'une autre, à 40% des décès dans les hôpitaux des pays développés.

Le coeur de l'expertise de Bilhi Genetics repose donc sur la base de données homogène constituée au fil des années par son fondateur, Alain Dessein. Cette base de données constitue un véritable avantage stratégique, puisqu'elle permet de relier une mutation génétique à une maladie donnée (par exemple : la fibrose du foie). Pour ce faire, il faut étudier et comparer, grâce à des algorithmes d'Intelligence Artificielle développés ad hoc, le génome de patients qui ont développé la maladie et de patients sains. Comme le souligne Pierre Dessein, le problème de la plupart des études génétiques tient au fait que, provenant des Etats-Unis ou de l'Europe, elles sont basées sur des cohortes de populations issues de ces deux régions. Or, à cause des vagues successives de migration, ces cohortes ne sont pas homogènes d'un point de vue du génome - contrairement aux cohortes de populations étudiées par Alain Dessein, dont le génome est très similaire.

Le principal enjeu en génétique repose pourtant sur le besoin de traiter des données d'entrée d'une extrême qualité, afin d'éviter les biais. "Si les deux cohortes (patients atteints de cirrhose et patients sains) sont d'origine différente, il devient problématique d'établir des liens et de trouver les mutations génétiques en cause dans la maladie", reconnaît Pierre Dessein. Car c'est bien là qu'aboutit le savoir-faire de Bilhi Genetics : dans sa capacité à prédire les chances de contracter une fibrose, en se basant sur l'étude de milliers de génomes récoltés sur le terrain. Prenant ses distances avec la notion de Big Data, l'entreprise préconise qu'il est préférable d'avoir une base de données "plus petite mais homogène".

Monter une société pour valoriser 40 années de recherche

Tout est allé très vite depuis le jour où, en 2009, Alain Dessein déclare à son fils qu'il a réussi à démontrer la prédisposition aux fibroses graves du foie. Alors avocat d'affaires dans le Private Equity, Pierre Dessein quitte son travail pour monter la société Genepred en 2012, qui deviendra plus tard Bilhi Genetics, et ainsi valoriser 40 années de recherche scientifique. Un accord de partenariat est conclu avec l'Inserm pour co-développer la solution, et l'entreprise remporte plusieurs prix et concours d'innovation. "Nous avons récupéré toutes les subventions possibles", reconnaît Pierre Dessein, "qui nous ont permis de développer des tests prédictifs de la cirrhose du foie". Administrés à des patients obèses, avec une forte consommation d'alcool ou atteints d'Hépatite C via une simple prise de sang, ces tests sont capables d'identifier 80% des patients à risque.

Malheureusement, le marché n'était pas prêt à financer une solution de médecine préventive à l'époque. "Même si notre solution peut engendrer de réelles économies de santé, en détectant chez des populations à risque la probabilité de contracter une fibrose, nous nous sommes aperçus qu'il était compliqué d'obtenir les autorisations de mise sur le marché pour notre outil", explique Pierre Dessein. Il a alors fallu voir comment valoriser le précieux dataset constitué par Alain Dessein au fil des années. Grâce à son équipe de spécialistes en génétique et en Intelligence Artificielle installée à Marseille, Bilhi Genetics s'est tournée vers la recherche de cibles thérapeutiques et le développement de médicaments.

S'associer à d'autres BioTech dans la mise au point de cibles thérapeutiques

"Avant de développer une médicament, il faut savoir d'où vient la maladie, à quelle mutation elle est due, afin d'être en mesure d'identifier l'élément à cibler (on parle de cibles thérapeutiques) dans le corps pour endiguer cette maladie", décrète Pierre Dessein. C'est précisément ce que permettent de faire les bases de données de Bilhi Genetics, couplées à des algorithmes d'Intelligence Artificielle capables d'identifier les cibles thérapeutiques, dans le cas des fibroses et des cirrhoses du foie. De prédictives, les applications de l'entreprise sont donc devenues curatives : elle co-développe avec d'autres biotech des molécules pour soigner les fibroses. A terme, Bilhi Genetics aimerait renouer avec l'aspect préventif, en étant capable de mettre sur le marché une molécule associée à un test génétique. "Nous sommes convaincus que la médecine personnalisée est la plus efficace", affirme Pierre Dessein.

Les deux grands chantiers en cours concernent le recrutement de cohortes, au Brésil et en Ouganda, et le co-développement de molécules. L'entreprise, qui a levé pas moins de 5 M€ auprès d'investisseurs privés et d'épargnants individuels (dans le cadre du financement participatif) veut démontrer son ambition de devenir un leader mondial de la prévention et du traitement des fibroses. "Nous voulons prouver qu'il est possible, en Europe, de devenir un acteur de premier plan sur la génétique des fibroses, grâce à l'étude terrain de populations situées dans des zones endémiques", conclut Pierre Dessein. D'explorateurs du génome à entrepreneurs au succès mondial, il n'y a qu'un pas qu'on souhaite voir Bilhi Genetics franchir.